Am 22. April 1716 wurde das sogenannte "Puchheimsche Haus" erworben. Wann und von wem dieses Haus erbaut wurde, ist nicht bekannt. Fest steht aber, dass es der damalige Markt Stockerau vom Grafen Schönborn kaufte. Der Kaufpreis war zwar verhältnismäßig gering, die Kosten für die Adaptierung jedoch umso größer. Der südliche Trakt des Rathauses (Donaustraße) ist unverändert geblieben.
Der Umbau bzw. Neubau des Osttraktes erfolgte in den Jahren 1738 bis 1740 im Barockstil. Die breite Front des Hauses ist stilgerecht erhalten. Glatte Pfeiler teilen die Ansicht des Erdgeschoßes in Flächen, aus denen vergitterte Fenster in steinernen Rahmen herabblicken. Das zweite Geschoß ist durch Doppelpilaster 1 gegliedert, deren vorderer Schaft sich nach unten verjüngt. Die ionischen Kapitelle 2 sind aus Stein und stammen vom Kremser Bildhauer Beran. Die Wandflächen zwischen den Pilastern geben Raum für die großen Fenster, die mit schmiedeeisernen Gitterkörben versehen sind. Über den Säulen erheben sich die symbolischen Gestalten der Wahrheit und der Stärke. In der Nische des Giebelfeldes steht die Gerechtigkeit mit Schwert und Waage. Das mächtige Doppeldach trägt als Dachreiter einen Uhrturm.
Tritt man in die Torhalle des Rathauses, steht man vor einem prächtigen Gittertor, das den Aufgang zum Sitzungssaal abschließt. Das Gittertor ist ein Werk aus der Rokokozeit. Am Aufgang zum Sitzungssaal ist ein Altarbild aus Schmida (von dem bekannten Barockmaler Altomonte) angebracht.
Eine festliche barocke Steintreppe, die von einer geschmackvollen Balustrade flankiert wird, führt hinauf in die große Vorhalle des Sitzungssaales. In dieser Vorhalle steht ein wunderbarer Schrank aus der Rokokozeit (seine Zwillingsbrüder findet man im Zimmer des Bürgermeisters). Diese Schränke tragen jeweils geschnitztes und vergoldetes Gitterwerk und ihre Flächen zeigen die feine Kunst der Einlegearbeit. Durch eine mächtige Eingangstür (beachtenswert ist hier das kunstvolle Türschloss) betritt man den Sitzungssaal. Von den Wänden herab blicken überlebensgroße Gestalten der Habsburger in Ölmalerei: Kaiser Karl VI., seine Gemahlin Elisabeth, Kaiserin Maria Theresia und ihr Gemahl Franz Stephan von Lothringen (Kaiser Franz I.). Diese Bilder sollen von Johann Georg Schmid, dem sogenannten "Wiener Schmid", stammen. Die auserlesene Stuckdecke ist eine großartige Huldigung an Maria Theresia. Die Prinzipien ihrer Regierung - Gerechtigkeit, Weisheit und Stärke - und die Herausgabe des allgemeinen Strafrechtes, sind hier in bewegter Symbolik dargestellt. Im Sitzungssaal befindet sich auch ein Ofen in Blau und Gold. Seine Gesimseführung, die Pilastergliederung und die kräftigen Zierformen verraten, dass er der Barockzeit angehört. Der Stockerauer Hafnermeister Philipp Winkler hat ihn bald nach der Vollendung des Rathauses geschaffen.
Das Rathaus hat einer Funktion als zeitgemäßes und modernes Verwaltungszentrum der Stadt Stockerau gerecht zu werden. So waren im letzten Jahrzehnt auch verschiedene Um- und Ausbauten notwendig, die aber stets unter strenger Berücksichtigung alter Bauelemente und mit dem Gedanken an die ehrwürdige Erhaltung der vorhandenen Bausubstanz vorgenommen wurden. Das Rathaus Stockerau - ein sehenswertes Beispiel für die gelungene Kombination von gepflegtem Kulturgut und moderner Funktionalität.