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Mit 70 Schülern, die von 7 Lehrkräften unterrichtet werden, wird am 7. Oktober 1935 die Musikschule in Stockerau gegründet. Als Unterrichtsort steht der Erste Stock der alten Kirchenschule zur Verfügung. Erster Direktor ist Daniel Almásy.
Von 1945 bis 1971 leitet Karl Pollak sen. die Musikschule. 1962 übersiedelt die Musikschule in die Räumlichkeiten des „Niembschhofes“, Eduard-Rösch-Straße 1. Von 1971 bis 1980 obliegt die Leitung Wilhelm Pollak und ab 1980 übernimmt Prof. Mag. Rudolf Rohrer die Direktion.
Am 16. April 1983 wird das neue Musikschulgebäude in der Bräuhausgasse 9 bezogen. In dieses Jahr fällt auch die Gründung des Blasorchesters der Musikschule. 1990 beginnt der partnerschaftliche Kontakt mit der Musikschule „Mosonmagyaróvár“ (Ungarn). Alljährlich finden Austauschkonzerte mit Schülern und Lehrern statt. Mit der Musikschule von Samorin (Slowakei) und der Musikschule Mosonmagyaróvár wird das gemeinsame „SMS“ Orchester gegründet. Es folgen Auftritte in Österreich, Ungarn und der Slowakei. Erster Dirigent des Orchesters ist Prof. Mag. Rudolf Rohrer.
Im Herbst 2004 wird Mag. Géza-Michael Vörösmarty mit der Leitung der Musikschule betraut. In Folge übernimmt er auch die Leitung des internationalen SMS Orchesters und dirigiert Konzertprojekte an den Musikschulstandorten der Partnerschulen. Neue Ensembles werden initiiert. Es entstehen Querflöten-, Streicher-, Blockflöten-, Klarinetten- und Trompetenensembles. Im September 2006 wird die Leitung der Blasmusik Mag. Andreas Rauscher anvertraut. Es folgt eine Neustrukturierung und eine Umbenennung in JUBO (Jugend Blasorchester).
Im April 2009 wechselt die Musikschule erneut ihren Standort und zieht von der Bräuhausgasse in die Judithastraße 5. Das davor vom Bundesheer genutzte Gebäude wird aufwendig für die Zwecke der Musikschule - nach Plänen von Architekt Manfred Bohn - adaptiert. Die den zeitgemäßen Erfordernissen entsprechenden Unterrichtsräume werden, nach Feng Shui, Farben zugeordnet und der moderne Ballettsaal erfüllt mit dem gelenksschonenden Parkett sämtliche Auflagen.
Im September 2009 wird mit der Europahauptschule West eine Kooperation eingegangen und eine gemeinsame Bläserklasse eingerichtet. Die vorerst als "Pilotprojekt" angelegte Kooperation wird einen ständige Einrichtung. 2010 ist ein weiterer Meilenstein in der Entwicklung der Musikschule. Neben dem schon traditionellen Musik- und Tanzangebot wird beginnend mit dem neuen Schuljahr Theater/Darstellendes Spiel angeboten. Als Lehrer fungiert der Leiter des "Lenautheaters" Stockerau, Richard Maynau. Die Regionalmusikschule Stockerau ist nun: Regionalmusikschule für Musik, Theater und Tanz.
Derzeit werden fast 700 Schüler von 26 Lehrern unterrichtet.